बोर्ड छावनी क्षेत्र में समग्र स्वच्छता जैसे कचरा उठाने, अपशिष्ट निपटान, नालियों की सफाई, सार्वजनिक सड़कों और विभिन्न सार्वजनिक स्थानों के लिए जिम्मेदार है। कैनानोर कैंटोनमेंट बोर्ड का स्वच्छता खंड सार्वजनिक सड़कों और स्थानों, अपशिष्ट निपटान, नालियों की सफाई और कचरा उठाने जैसे क्षेत्रों की देखभाल करता है। स्वच्छ और सुरक्षित वातावरण प्रदान करने के लिए, बोर्ड ने 2016 में नागरिक और सैन्य क्षेत्रों में डोर टू डोर कलेक्शन शुरू किया। बोर्ड ने 15 मई, 2017 से कचरे का पृथक्करण शुरू किया। बोर्ड ने छावनी क्षेत्र के सभी घरों को स्रोत पर बायोडिग्रेडेबल और गैर-बायोडिग्रेडेबल कचरे को अलग करने के लिए दो कचरा पात्र भी प्रदान किए। कन्नानोर छावनी 120 कचरा पात्र और 35 मैनपावर को संरक्षण सेवाओं के प्रावधान के लिए बनाए हुए है। स्वच्छ भारत मिशन के तहत शहरी विकास मंत्रालय द्वारा जारी किए गए दिशा निर्देशों को कन्नानोर छावनी परिषद लागू कर रहा है। जनभागीदारी के साथ नियमित सफाई अभियान को प्रोत्साहित किया जा रहा है। इसके अलावा, कैंटोनमेंट बोर्ड शून्य अपशिष्ट छावनी की दिशा में एक पहल के रूप में MSW के बेहतर संचालन के लिए अपशिष्ट रीसाइक्लिंग प्लांट्स की आवश्यकता का एहसास करता है। बोर्ड ने कचरे को जैविक खाद / ऊर्जा में परिवर्तित करने, प्लास्टिक कचरे को ईंधन में बदलने और बागवानी कचरे को जैव ईंधन में बदलने के लिए ठोस अपशिष्ट प्रबंधन संयंत्रों की स्थापना को मंजूरी दी है। वर्तमान में प्रमुख लिपिक सह ड्राफ्ट्स मैन इस खंड के कर्तव्यों का पर्यवेक्षण कर रहा है, बोर्ड के सैन्य संरक्षण और नागरिक संरक्षण में तीन सेनेटरी जमादार और 25 सफाइवल काम कर रहे हैं।